Ajankohtaista liharotujen Beefgeno-hankkeesta: millaisia eläimiä on genotyypitetty?

Maria Leino, Luonnonvarakeskus

Genotyypitettyjen eläinten määrät nousivat kohisten loppuvuodesta 2020. Tarkastelimme vuoden loppuun mennessä genotyypitettyjen noin 8100 eläimen taustoja. Luonnonvarakeskus rakentaa parhaillaan genomisia jalostusarvostelumalleja Makera-rahoitteisessa Beefgeno-hankkeessa juuri tätä joukkoa hyödyntäen.

Valtaosa (82 %) tarkastelun kohteena olevista genotyypitetyksistä tulee vuoden 2020 lopussa päättyneen GenoPihvi ELY-hankkeen sponsoroimina. Teurastamojen siitossonnikasvattamojen sonnien ja yksityisten genotyypitysten osuus on noin 16 %. Keinosiemennyssonneja genotyypitetyistä on 2 %.

Rotujen välistä kilpailua

Angus on ollut genotyypityskilpailun johdossa ja hereford sekä charolais kisaavat tasaisesti kakkossijasta (Taulukko 1). Simmentalin genotyypitysmäärät ovat olleet vähäisimmät, mutta tahti on mukavasti kiihtynyt. Osittain todennäköisesti siksi, että genominäytteiden analysointi on paljastanut simmental-populaatiossamme sekä BH2:n että trombopatian kantajia. Tämä on toisaalta myös osoittanut genomitestauksen hyödyllisyyden: yhdellä näytteenotolla saa monenlaista tietoa eläimestä tilatason tuotannonohjaukseen.

Lehmien vallankumous

Genotyypitetyistä eläimistä lehmien osuus on 72 %, sonnien 28 %. Vanhimmat genotyypitetyt eläimet ovat populaation kannalta tärkeitä keinosiemennyssonneja, joilla on useita kymmeniä jälkeläisiä. Sonneista vanhin on limousin-rotuinen Echo Li vuodelta 1989. Vanhimmat genotyypitetyt lehmät ovat 2000-luvun alusta. Näillä vanhimmilla lehmillä on keskimäärin yli 10 jälkeläistä. Lehmillä on erittäin hyvin myös omia havaintoja ikään katsomatta, kun taas ks-sonnien tiedot tulevat lähinnä jälkeläisten kautta. Aivan nuorimmilla ikäluokilla on vasta omia havaintoja ja näistä suurin osa onkin tulevia siitossonneja ja emoja.

Emotarkkailu- vai tuotantokarja?

Genotyypitetyistä eläimistä 84 % löytyi joulukuun 2020 jalostusarvosteluaineistoista ja ne ovat peräisin emotarkkailukarjoista. Jalostusarvosteluaineiston ulkopuolisia eläimiä oli  16 % (Taulukko 2).

Jälkimmäiseen joukkoon lukeutuvat mm. ensimmäisen polven risteytykset emotarkkailukarjoista, tuotantokarjojen eläimiä ja uunituoreita ks-sonneja, joiden taustatietoja ei oltu vielä ehditty tallentaa tietokantoihin. Beefgeno-hankkeen myötä ensimmäisen polven risteytykset otetaan mukaan uudistuvaan jalostusarvosteluun.

Havaintoaineistossa mukana olevista lehmistä valtaosalla oli 3 omaa havaintoa eli syntymä-, vieroitus- ja vuodenpaino (Taulukko 2). Sonneilla havainnot jakautuivat tasaisemmin 3 ja 6 havainnon välille. Jälkimmäiset ovat eläimiä, joilla on punnitusten lisäksi myös teurastuloksia.

Risteytyseläimet mukaan linkeiksi

Jalostusarvosteluaineiston genotyypitetyistä eläimistä risteytyseläimiä oli 8.6 %. Risteytyksellä tarkoitetaan tässä eläintä, jonka päärodun osuus on alle 87.5 %. Valtaosalla risteytyseläimistä oli myös jälkeläisiä. Ne tuovat siis mukavasti linkkejä puhdasrotuisten eläinten välille, koska suurimmalla osalla risteytyseläimiä isä on puhdasrotuinen, teurastamojen siitossonnikasvattamoista ostettu sonni. Risteytyseläinten joukosta löytyi monenlaista risteytystä: oli liki puhtaita eläimiä, F1-risteytyksiä, takaisinristeytyksiä, mutta myös niitä, joiden esivanhempien joukossa oli monen rodun edustajia.

Mitä seuraavaksi?

Olemme koko Beefgeno-hankkeen ajan rakentaneet uutta jalostusarvostelumallia silmällä pitäen tulevaisuudessa häämöttävä yhteispohjoismainen genomiarvostelu lihakarjalle. Tanskassa on tehty kovasti töitä, jotta lihakarjan genotyypit saadaan solahtamaan lypsykarjalle alun perin suunniteltuun genomitietokantajärjestelmään. Matkan varrella on ollut monenlaista haastetta, kun yhteen on pitänyt sovittaa eri maiden erilaiset käytännöt mm. keinosiemennyssonnien tunnistetiedoissa, simmentalin erilaiset rotukoodit eri tietokannoissa, kolmen maan jättimäiset sukutaulut jne.

Luonnonvarakeskuksella on kuitenkin nyt käsissään liki 8100 eläimen genotyypit ja kansallisten genomiarvostelujen kehittäminen etenee. Tavoitteena on saada lihakarjan jalostusarvostelujärjestelmä siirrettyä genomiaikaan vuoden 2022 aikana.

Odottelemme myös lisää genotyypitysdataa, sillä Satafoodin hallinnoiman ELY-hankkeen kautta on tulossa noin vajaan 4000 vertailuryhmäeläimen genotyypit kevään 2021 aikana. Herefordille on odotettavissa tätä kautta noin 1200 näytettä lisää ja muille roduillekin reilut kuusisataa näytettä / rotu. Lisäksi yksityisten eläinten omistajat lähettävät näytteitä ollakseen mukana genomiarvostelun rakentamisessa, varmistaakseen eläintensä polveutumistiedot tai saadakseen selville mahdolliset kantajat perinnöllisistä sairauksista, joiden tulokset selviävät genomitestin yhteydessä. Näyttää siis kaikin puolin hyvältä!

Saamme koko ajan lisää tietoa genomiaineiston karttuessa, mm. kuinka suuri osuus polveutumisista on vääriä. Pelkästään tällaisten virheellisten polveutumistietojenkin korjaaminen parantaa jalostusarvostelun luotettavuutta ja auttaa oikeiden valintapäätösten tekemisessä; ei pelkästään sukutaulultaan virheellisen eläimen kohdalla vaan yhtä lailla sen sukulaisten kohdalla!

Lihakarjan genomitesti ajankohtaista 4.2.2021 Taulukot