Polveutumismääritys
Jokainen eläin perii puolet perimästään emältään ja puolet isältään. Eläimen polveutuminen voidaan varmistaa polveutumismäärityksellä vertaamalla vanhempien ja jälkeläisen DNA-tietoja toisiinsa. Polveutumismääritys perustuu ensisijaisesti genomitestaukseen eli SNP-merkkien määrittämiseen. Jos genomisia DNA-tietoja ei ole saatavilla, voidaan polveutuminen pyrkiä määrittämään STR-testillä eli nk. mikrosatelliittimarkkereiden määrityksellä.
Yleistä polveutumismäärityksestä
Polveutumismääritys onnistuu kaikilla näytetyypeillä ja se voidaan tehdä kaikille naudoille rodusta riippumatta. Rotu voi kuitenkin vaikuttaa käytettävän menetelmän valintaan ja esimerkiksi tuontisonnien DNA-tietojen saatavuuteen.
Tulokset ilmoitetaan tilaajan valinnan mukaisesti kirjallisesti joko sähköpostila tai kirjeenä. Mahdolliset polveutumistietojen muutokset ilmoitetaan nautarekisteriin automaattisesti muutamia poikkeustilanteita lukuunottamatta. Isyystarkiste päivitetään automaattisesti.
SNP-polveutumismääritys
- Perustuu genomitestaukseen eli nk. SNP-merkkien määrittämiseen
- Määritys etsii automaattisesti sopivia vanhempia kaikkien genomitestettujen eläinten joukosta
- Määritys kestää 4-5 viikkoa
- Eläin saa määrityksen yhteydessä automaattisesti genomituloksen, jos genomiarvon laskennan kriteerit täyttyvät
STR-polveutumismääritys
- Perustuu laajempien DNA-alueiden määrittämiseen, nk. mikrosatelliittimarkkereihin
- Sopivia vanhempia voidaan manuaalisesti etsiä kaikkien STR-määritettyjen eläinten joukosta, vaatii yleensä ehdotuksia mahdollisista vanhemmista
- Määritys kestää 4-8 viikkoa
Tutkimuksen tilaaminen
Ilmaisen näytteenottopaketin voi tilata Fabalabista sähköpostitse tai puhelimitse. Mikäli näytteenottotarvikkeita ei tarvitse tilata, riittää, että näytteen toimittaa Fabalab-palveluihin saatelomakkeen kanssa.
Fabalab arvioi jokaisen saapuvan polveutumistapauksen erikseen ja päättää käytettävän määritystekniikan tapauskohtaisesti. Samalla Fabalab tarkistaa tapaukseen liittyvien eläinten DNA-tietojen saatavuuden ja tekee tarvittavat tutkimustilaukset laboratoriolle.
Polveutumismäärityksen hinta on €/ määritetty näyte.
Näytteiden ottaminen
Suosittelemme ottamaan näytteen kaikista tapaukseen liittyvistä eläimistä. Polveutumismäärityksen tulokset ovat luotettavimmat, jos käytössä on molempien vanhempien DNA-tiedot.
Genomitestauskelpoisten eläinten kohdalla käytetään pääasiassa SNP-polveutumismääritystä, joten emästä ei tarvitse ottaa näytettä, jos emä on genomitestattu jo aikaisemmin.
Tiesitkö?
DNA rakentuu neljän eri emäksen muodostamista emäspareista. Emäkset ovat adeniini (A), tymiini (T), sytosiini (C) ja guaniini (G). Emästen järjestystä DNA:ssa kutsutaan sekvenssiksi.
SNP-merkki tarkoittaa sekvenssissä tapahtunutta yhden emäksen muutosta (Single Nucleotide Polymorphism). Erilaisia SNP-merkkejä on emästen määrästä johtuen vähän, mutta niiden runsas määrä kompensoi rajallista vaihtelua. Genomimäärityksessä eläimeltä määritetään yhteensä 10 000 SNP-merkkiä. SNP-polveutumismäärityksessä näistä SNP-merkeistä noin 800 käytetään polveutumisen vahvistamiseen.
STR-polveutumismääritys (Short Tandem Repeat) perustuu laajempiin DNA-alueisiin, jotka muodostuvat tietyn emäsparin toistojaksosta. Mikrosatelliittimarkkerien pituus eli toistojen määrä vaihtelee yksilöiden välillä runsaasti. Mikrosatelliittimarkkereita on olemassa tuhansia, mutta jo muutamien markkerien avulla voidaan esimerkiksi määrittää yksilön polveutuminen. Naudoilla polveutumismäärityksessä käytetään 11 mikrosatelliittimarkkeria.