LSK-genomihanke

LSK-genomihankkeen toteuttavat yhteistyössä Faba, Luonnonvarakeskus (LUKE), VikingGenetics sekä Suomen maa-, metsä- ja kalatalouden kansallinen geenivaraohjelma. Genotyypitysprojektia rahoittaa Suomenkarjan Jalostussäätiö. Hanke on käynnistynyt loppuvuodesta 2018.

Hankkeen tavoitteena on rakentaa genominen jalostusarvostelu länsisuomenkarjalle. Hankkeen ensimmäisessä vaiheessa on kerätty genominäytteitä nk. vertailuryhmää varten. Vertailuryhmään sopivat parhaiten sellaiset eläimet, joilla on jo jälkeläisiä. Suurin osa tähän mennessä analysoiduista näytteistä on kerätty LSK-genomihankkeessa mukana olleilta tiloilta vuosien 2019-2021 aikana. Hanke maksoi näytteiden analysoinnin kokonaisuudessaan. Hankkeen kustantamien näytteiden kerääminen päättyi tammikuussa 2022.

Hankkeen toinen vaihe koostuu genomisen laskentamallin rakentamisesta. Laskentamallin rakentamisesta vastaa Luonnonvarakeskus.

Hankkeen näytetilanne

Hankkeen kustantamien näytteiden kerääminen päättyi tammikuussa 2022.

Jatkossa testaus on mahdollista tilata omakustanteisesti. Tilaukset ja lisätiedot testauksesta: fabalab@faba.fi. Testauksen hinta on 29,10 € + alv.

Saapuneiden näytteiden määrä (päivitetty 27.1.2022):

 Saapuneet näytteet (kpl)Tavoite (kpl)% Tavoitteesta
Näytteitä (LSK)15061500100,4

On hyvä huomioida, että kaikki testatut LSK-eläimet kasvattavat tulosten laskentaan tarvittavaa vertailuryhmää. Tämä on tärkeää, vaikka vertailuryhmän mininmitavoite on saavutettu. Nyt testattavat eläimet tulevat olemaan myös niitä, joille genomiset jalostusarvot ensimmäisinä lasketaan! 

Yhdellä näytteenotolla saa:

  • Genomiset jalostusarvot (sitten, kun genomiarvostelu on rakennettu ja julkaistu)
  • Polveutumisen varmistuksen (jos isä ja/tai emä on genomitestattu, lisätietoja)
  • DNA-tuloksia (beta-kaseiini, kappakaseiini, nupous ja RP1-tautigeeni, lisätietoja)

Millaisista eläimistä näytteitä kannattaa lähettää?

Näytteitä genotyypityksiä varten toivotaan etenkin LSK-lehmistä. Vertailuryhmän mininmitavoite 1500 näytettä saavutettiin tammikuussa 2022. Genomisen jalostusarvostelun rakentaminen päästiin kuitenkin aloittamaan jo syksyllä 2021, hieman ennen tavoitteen täyttymistä. Kaikki testatut LSK-eläimet kasvattavat vertailuryhmää ja parantavat laskennan luotettavuutta. Siksi olisi tärkeää jatkaa vertailuryhmään sopivien eläinten testaamista, vaikka minimitavoite on saavutettu.

Näytteitä toivotaan erityisesti eläimistä, jotka täyttävät seuraavat ehdot:

  • Eläin on poikinut tai tiine hieho
  • Eläimen isä, emänisä ja emänemänisä on rodultaan LSK
  • Eläimen isä on keinosiemennyssonni
  • Eläimellä on DNA-korvamerkki (kudosnäyte säilyy noin 1 vuoden)

Genomitestaavien tilojen tulee kuulua tuotosseurantaan. Vertailuryhmän kannalta olisi hyvä, jos tila täyttäisi myös seuraavat ehdot:

  • Tila kuuluu tuotosseurantaan
  • Mittalypsyt ovat kunnossa
  • Siemennys-, hoito-, tiineystarkastus-, poisto- ja poikimavaikeustiedot kirjataan

Lisätietoja LSK-genomihankkeesta ja testaamisesta

Terhi Vahlsten, terhi.vahlsten@faba.fi (hanke)
Fabalab-palvelut, fabalab@faba.fi (näytteenotto, tilaukset, laskutus)