LSK-genomihanke

LSK-genomihankkeen toteuttavat yhteistyössä Faba, Luonnonvarakeskus (LUKE), VikingGenetics sekä Suomen maa-, metsä- ja kalatalouden kansallinen geenivaraohjelma. Genotyypitysprojektia rahoittaa Suomenkarjan Jalostussäätiö.

Hankkeen tavoitteena on rakentaa genominen jalostusarvostelu länsisuomenkarjalle. Hankkeen ensimmäisessä vaiheessa kerätään genominäytteitä nk. vertailuryhmää varten. Vertailuryhmään sopivat parhaiten sellaiset eläimet, joilla on jo jälkeläisiä. LSK-genomihankkeessa mukana olevat tilat saavat ohjeet ja materiaalit genomitestausta varten erikseen hankkeen kautta.

Hankkeen näytetilanne

LSK-genomiprojektissa on ollut tähän mennessä neljä eläinpoimintaa, joissa on pyydetty näytteitä projektiin mukaan ilmoittautuneilta tiloilta.

Saapuneiden näytteiden määrä (päivitetty 1.10.2020):

 Saapuneet näytteet (kpl)Tavoite (kpl)% Tavoitteesta
Näytteitä (LSK)1045150069,7

Genomiarvostelun rakentamiseksi tarvitaan paljon näytteitä. Mitä nopeammin näytteitä saadaan kerättyä, sitä nopeammin testatuille eläimille voidaan laskea genomiset jalostusarvot.

Kun genomiarvostelu on saatu rakennettua, yhdellä näytteenotolla saa:

  • Genomiset jalostusarvot
  • Polveutumisen varmistuksen, jos isä ja/tai emä on genomitestattu (lisätietoja)
  • DNA-tuloksia perinnöllisistä, yhden geenin aiheuttamista, sairauksista (RP1 ja tulossa myös muita)

Millaisista eläimistä näytteitä kerätään?

Parhaillaan kerätään näytteitä LSK-lehmistä genotyypityksiä varten. Sitten kun riittävän suuri vertailuryhmä on saavutettu, voidaan aloittaa genomisen jalostusarvostelun rakentaminen.

Genotyypityksiä varten keräätään näytteitä tuotosseurantaan kuuluvien karjojen LSK-lehmistä. Faba organisoi näytteiden keräystä. Faba lähettää karjanomistajille ohjeet, näytteenottovälineet ja listan eläimistä, joista näytteet halutaan. Hanke maksaa näiden näytteiden genomitestauskulut. Eläimen omistajan tehtävänä on näytteiden ottaminen ja näytteiden lähetys Fabalabiin.

Näytteitä kerätään eläimistä, jotka täyttävät seuraavat ehdot:

  • Eläin on poikinut tai tiine hieho
  • Eläimen isä, emänisä ja emänemänisä on rodultaan LSK
  • Eläimen isä on keinosiemennyssonni

Näytteitä kerätään karjoista, jotka täyttävät seuraavat ehdot:

  • Tila kuuluu tuotosseurantaan
  • Karjassa on vähintään yksi näytekelpoinen LSK-lehmä
  • Mittalypsyt ovat kunnossa
  • Siemennys-, hoito-, tiineystarkastus-, poisto- ja poikimavaikeustiedot kirjataan

Lisätietoja LSK-genomihankkeesta

Terhi Vahlsten, terhi.vahlsten@faba.fi (hanke, uudet karjat, sopimukset)
Fabalab-palvelut, fabalab@faba.fi (näytteenotto)