Lihakarjan genomihanke

Ajankohtaista

Luken tutkijan Maria Leinon artikkeli: Millaisia eläimiä on genomitestattu?

Liharotuisten ks-sonnien genomitestaustilanne ja DNA-tulokset

DNA-testien ryhmittely ja ryhmien tulkinta

Alueellisissa hankkeissa kerätään näytteitä vertailuryhmää varten

Näytteiden kerääminen on aloitettiin vuoden 2019 lopussa käynnistyneen GenoPihvi-hankkeen myötä. GenoPihvi-hanke oli Atria Tuottajien, HKScan Finlandin ja Snellmanin Lihanjalostuksen yhteistyönä toteutettu hanke, joka toimi Pohjois-Savon, Etelä-Pohjanmaan ja Pohjois-Pohjanmaan maakunnissa. Hankealueen ELY-keskukset toimivat hankkeen rahoittajina. Hanke päättyi joulukuussa 2020 ja sen aikana kerättiin yli 6600 näytettä lihakarjan genomihanketta varten.

Etelä-Suomen ELY-keskusten alueella käynnistyi Satafoodin hallinnoima Emolehmätilojen eläinaineksen kehittämishanke loppuvuodesta 2020. Hanke jatkaa genominäytteiden keräämistä lihakarjan genomihanketta varten.

Lihakarjan genomihankkeen tavoitteena on genomiarvostelun rakentaminen Suomen yleisimmille liharoduille: AAN, CHA, HER, LIM ja SIM. Yhteensä vertailuryhmään tarvitaan vähintään noin 2000 näytettä/ rotu. Vertailuryhmään sopivat parhaiten sellaiset eläimet, joilla on jo jälkeläisiä. Hankkeissa mukana olevat tilat saavat ohjeet ja materiaalit genomitestausta varten erikseen hankkeiden kautta. Hanketilojen eläimille tehdään genomitestitilaukset automaattisesti.

Genomiarvostelun rakentamiseksi tarvitaan paljon näytteitä. Mitä useampi tila lähtee mukaan näytteenottoon, sitä nopeammin testatuille eläimille voidaan laskea genomiset jalostusarvot. Tilat, jotka eivät ole mukana alueellisissa hankkeissa, pääsevät osallistumaan vertailuryhmän keräämiseen tilaamalla genomitestit Minun Maatilani -palvelun kautta. Lisätietoja genomitestien tilaamisesta löytyy täältä ja ohjeita testattavien eläinten valintaan täältä.

Heräsikö kysymyksiä hankkeisiin tai genomitestaukseen liittyen? Vastaukset yleisimpiin kysymyksiin löydät täältä: Usein kysytyt kysymykset

Saapuneiden näytteiden määrä roduittain (päivitetty 7.6.2021):

RotuSaapuneet näytteet (kpl)Tavoite (kpl)% tavoitteesta
Aberdeen angus26462000132,3
Charolais21702000108,5
Hereford27872000139,4
Limousin1560200078,0
Simmental1632200081,6
Yhteensä1079510000108,0

Kun genomiarvostelu on saatu rakennettua, yhdellä näytteenotolla saa:

  • Genomiset jalostusarvot (teuras-, kasvu- ja poikimaominaisuudet)
  • Polveutumisen varmistuksen, jos isä ja/tai emä on genomitestattu
  • DNA-tuloksia perinnöllisistä, yhden geenin aiheuttamista, sairauksista
    (ataksia, RP1 eli blind, BH2, nupous ja tulossa myös muita)

BeefGeno-tutkimushanke rakentaa genomiarvostelun

Genomiarvostelun rakentamisesta vastaa kolmivuotinen (2019-2021) MAKERA-rahoitteinen BeefGeno-tutkimushanke. Genomiarvostelu rakennetaan Suomen viidelle yleisimmälle liharodulle (AAN, CHA, HER, SIM ja LIM) sekä näiden rotujen risteytyksille.

Hankkeiden eteneminen

  • Nykyisen liharotujen jalostusarvojen laskennan uudistus, mm. risteystyseläinten mukaanotto (LUKE)
  • Vertailuryhmän rakentaminen
    • Genomitestinäytteiden kerääminen, vähintään 2000 näytettä / rotu (GenoPihvi-hanke, Satafoodin hanke, kasvattajat)
    • Genominäytteiden genotyypittäminen (Fabalab-palvelut, Eurofins Genomics -laboratorio)
    • Genomiarvostelumallien rakentaminen (BeefGeno-hanke, LUKE)
    • Sukulaisuustiedostojen rakentaminen tulevaisuuden pohjoismaista arvostelua varten (Faba,NAV)

Tavoite

Tavoitteena on rakentaa genomiarvostelu Suomen viidelle yleisimmälle liharodulle (AAN, CHA, HER, LIM ja SIM) sekä näiden rotujen risteytyksille. Genomiarvostelun avulla eläimille saadaan työkalu, jolla on mahdollista valita parhaat eläimet jatkamaan sukua riippumatta siitä, ovatko ne puhdasrotuisia vai risteytyseläimiä. Genomiarvostelun avulla eläimen jalostusarvo voidaan määrittää jo vastasyntyneestä vasikasta. Genomiarvostelu lisää nuorten eläinten jalostusarvojen arvosteluvarmuutta.

Vertailuryhmän muodostamiseen tarvitaan näytteitä

Ensimmäiseksi muodostetaan nk. vertailuryhmä. Siihen tarvitaan paljon näytteitä niistä emotilojen eläimistä, joille on ehtinyt kertyä omia ja vähintään yhden jälkeläisen tuloksia. Kun jokaisesta rodusta on genotyypitetty 2000 eläintä, voidaan kyseiselle rodulle alkaa laskea suomalaisia genomisia jalostusarvoja yhdistämällä genomitieto tuotantotietoihin. Vertailuryhmät muodostetaan viidestä rodusta: angus, charolais, hereford, limousin ja simmental.

Mitä suurempi määrä tarkkailukarjoja lähtee heti näytteenottoihin mukaan, sitä nopeammin saadaan luotettavat arvostelut, joilla voidaan ennustaa jo vasikasta, minkälainen siitä on tulossa. Tarkkailukarjoja tarvitaan monien mitattavien ominaisuuksien laskentaan, kun taas tuotantokarjojen genominäytteet auttavat esim. poikimavälin ja teurasominaisuuksien jalostusarvojen ennustamisessa.

Kudosnäytekorvamerkit syntyville vasikoille

Vasikoille kannattaa tilata vapaiksi korvamerkeiksi joko Faban Allflex DNA-merkki tai A-Rehun AgroTag GenoMerkki, jonka parina on eMerkki. Myös kiinnityspihdit on muistettava hankkia ajoissa. Kun käytössäsi on DNA-korvamerkit, saa korvamerkinnän yhteydessä otettua vasikan korvasta kudosnäytteen genomitestausta varten ilman erillistä näytteenottoa. Vanhempien eläinten ja eläinten, joilla on tavallinen korvamerkki, näytetyypiksi suositellaan karvanäytettä.

Koko elinkeino mukana

Genomiarvostelun luominen liharoduille tuli mahdolliseksi, kun Maa- ja metsätalousministeriö myönsi kolmivuotisen MAKERA-rahoituksen hankkeelle, jossa mukana ovat Luonnonvarakeskus, Faba Osk, Atria, HKScan, Snellman, Nordic Cattle Genetic Evaluation (NAV), Viking Genetics ja Irish Cattle Breeding Federation (ICBF).