Uutiset

Ajankohtaista lihakarjan genomihankkeessa

Missä vaiheessa mennään lihakarjan genomihankkeessa toukokuussa 2019

Genotyypitysten logistisen kuvion rakentamisen loppusuora alkaa pikkuhiljaa häämöttää. Koska genotyypitysjärjestelmää pystytetään rutiiniarvostelua silmällä pitäen, mukana on ulkomaisia yhteistyökumppaneita ja lisäksi pyrimme saamaan käyttöön kaksi eri DNA-sirua (pohjoismainen ja irlantilainen), aikaa järjestelmän pystytykseen menee enemmän kuin pelkän yksittäisen tutkimuksen tekemiseen.

 

Lisäksi pohjoismaissa käytetty DNA-siruista on juuri päivittymässä uuteen versioon. Huomattavasti edeltäjäänsä parempi MD-siru otetaan käyttöön toukokuun lopussa. Sen DNA-merkkimäärä on noussut 85 000 merkkiin, Irlannin Irish Cattle Breeding Federationin (ICBF) IDB v4 –sirulla on 58 000 SNP-merkkiä. Genotyypityksen hinta pohjoismaisella sirulla asettunee noin 24 euroon ja irlantislaisella sirulla noin 29 euroon.

Testaamme parhaillaan logistiikkakuvioita Irlannin järjestelmiin ja olemme lähettämässä testinäytteitä Irlantiin.

Molemmat sirut ovat yhtä hyviä genomisten jalostusarvojen laskemiseen. Erot siruilla löytyvät perinnöllisten sairauksien ja vikojen testeissä, listat testeistä ovat tulossa hankesivuille, kunhan saamme Irlannista tiedon lisämaksullisten testien hinnoista. Varsin moni DNA-testeistä kuuluu sirujen perushintoihin, mutta Irlannin IDB-sirulla on lisäksi DNA-testejä, joista pitää maksaa rojaltimaksut testien kehittäjille. Lisäksi molemmilla siruilla on lihan syöntilaatuun vaikuttavien suurivaikutteisten geenien kalpaiinin ja kalpastatiinin testit.

 

Jo otettujen näytteitten säilytys

Mikäli olet jo ottanut vasikoilta kudosnäytteitä DNA-merkkien laiton yhteydessä ja haluat genotyypittää vasikkasi, huolehdithan näytteiden säilytyksestä viileässä paikassa, kuten jääkaapissa. Karvanäytteet säilyvät huoneenlämmössä, mutta suosittelemme säilyttämään myös ne viileässä. Yleisimmät näytetyyppimme (kudos-, karva- ja TEGO-verinäytteet) kestävät säilytystä hyvin, jos näytteet on huolellisesti otettu ja säilytetty asianmukaisesti. Jopa yli vuoden vanhoja näytteitä on analysoitu onnistuneesti. Kunhan olemme saaneet genotyypitysjärjestelmän pystyyn, suosittelemme lähettämään näytteitä säännöllisesti, vähintään 2-3 kuukauden välein.

Mikäli siitossonnisi tai emosi on lähtemässä karjasta ja haluat kuitenkin tehdä sille genomitestin, voit ottaa siitä karvanäytteen odottamaan sitä, että genotyypitysjärjestelmä on valmis. Ota tässä tapauksessa yhteyttä Fabalab-palveluihin näytteenottovälineitten saamiseksi (Fabalab-palvelut, Puh. 043 825 1003, sähköposti fabalab@faba.fi).

 

Kaikki alkaa vertailuryhmän rakentamisesta

Genomiarvostelun ydin on tuottaa yhä parempia työkaluja vasikoitten valintaan, jotta karjanomistaja voisi yhä luotettavammin valita parhaimmat vasikat karjastaan tuleviksi emoiksi ja siitossonneiksi ja ohjata huonoimmat loppukasvatukseen. Jotta pääsemme tähän vaiheeseen, tarvitsemme vertailuryhmän kullekin rodulle genomiarvostelun rakentamista varten. Vertailuryhmä koostuu vanhemmista eläimistä, joitten jalostusarvot pystytään jo arvioimaan omien ja jälkeläisten tietojen avulla. Lisäksi niillä on genomitiedot.

Mukana genomiarvostelussa ovat yleisimmät liharotumme: hereford, angus, limousin, charolais ja simmental sekä näiden rotujen risteytykset. Hankkeessa käynnistyy rotukisa. Ensimmäisenä 2000 genotyypitettyä vertailuryhmäeläintä saavuttanut rotu saa myös ensimmäisenä genomiset jalostusarvot käyttöönsä! Aluksi tärkeimpiä vertailuryhmäeläimiä ovat puhdasrotuiset siitossonnit ja emot, joilla on vähintään 1 vasikka, koska niitten avulla pystymme määrittämään kunkin rodun tason. Luonnollisesti myös kaikki keinosiemennyssonnit genotyypitetään. Emotarkkailuun kuuluvilta eläimiltä saamme paljon mittaustuloksia, jotka ovat edelleen aivan yhtä tärkeitä kuin ennekin, koska vain niitten avulla pystymme rakentamaan genomiset arvostelut. Vertailuryhmään ovat kuitenkin ehdottoman tervetulleita myös tuotantokarjat ja risteytyseläimet, joilta voimme hyödyntää esimerkiksi teurastiedot!

Samoin vasikat, jotka päätyvät emoiksi ja siitossonneiksi ovat varsin pian hyviä vertailuryhmäeläimiä, joten tällaistenkin vasikoitten näytteillä on arvoa vertailuryhmää rakennettaessa. Eläimen tasolla ei ole merkitystä vertailuryhmään hyväksymisen kannalta, sekä hyvät että huonot eläimet ovat hyviä vertailuryhmäeläimiä.

Kannattaa pitää myös mielessä, että vertailuryhmäeläimet eivät ole vain auttamassa genomiarvostelun pystyttämistä. Yhtä lailla ne saavat genomiset jalostusarvot niiden valmistuttua. Samalla eläimet tulee testattua usean perinnöllisen vian ja sairauden kantajuuden osalta ja niiltä määritetään lihan syöntilaatuun tutkimusten mukaan vaikuttavien suurivaikutteisten geenien, kalpaiinin ja kalpastatiinin, geenimuodot.

DNA-siruja voi hyödyntää heti myös polveutumismäärityksiin, mikäli on tarve varmistua vasikan isästä esimerkiksi siemennystä ja paikkaajasonnia käytettäessä. Tällöin tarvitaan vasikan DNA-näytteen lisäksi näytteet isäehdokkailta.  Vanhemmilta eläimiltä otettava näyte on karvanäyte, vasikoilta suositeltavaa on käyttää DNA-merkkiä, jonka laiton yhteydessä saa kudosnäytteen.

 

Hankkeen sivut ovat vielä työn alla ym. tekijöistä johtuen, kotisivu rakentuu osoitteeseen: https://www.faba.fi/karjan-kehittaminen/genomitestaus/lihakarjan-genomihanke/

 

Lisätietoja:

Anna-Maria Leino, tutkija, hankkeen vastuullinen johtaja,  Luonnonvarakeskus Luke, anna-maria.leino@luke.fi
Pirkko Taurén, tuoteryhmäpäällikkö, Faba, pirkko.tauren@faba.fi